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轉基因技術與傳統技術在本質上都是通過獲得良好基因進行遺傳改良。但在基因轉移的范圍和效率上，轉基因技術與傳統育種技術區別于兩點：首先，傳統技術一般只能在生物種內個體間實現基因的轉移，而轉基因技術所轉移的基因則不受生物體間親緣關系的限制；第二，傳統的雜交和選擇技術一般是在生物個體水平上進行，操作對象是整個基因組，所轉移的是大量的基因，不可能準確地定位于某個基因進行操作和選擇，對后代的表型預見性較差。而轉基因技術所操作和轉移的是經過明確定義的基因，功能清楚，可準確預測后代。故轉基因技術是對傳統技術的發展和補充，兩者的結合可以極大地提高動植物品種改良的效率。

自從人類學會蓄養動物、耕作植物以來，我們的祖先就從未停止過對物種的遺傳改良。過去的幾千年里改良物種的主要方式：針對自然環境造成的突變或無意的人為因素所產生的良好基因和重組個體進行選育和利用，從而通過隨機和自然的積累優化基因。然而這種極低幾率且無人類控制性的被動模式大大阻礙了農業的發展，迫切地需要一門新興科學。自遺傳學創立后改觀了這一境遇，動植物育種采用人工雜交的方法進行良好基因的重組和外源基因的導入，從而實現遺傳改良。

在轉基因發展的過程中，從早期單純進行科研研究拓展到目前研究和應用齊頭并進，生物學科與其他領域的交叉有著不可忽略的重要作用，如生物物理產生的顯微鏡技術，以及日益發展的電穿孔技術，極大地促進了科研走向應用。